En el siglo XX los científicos hallaron indicios que arrojaban nueva luz sobre el mito de El Dorado. Por una parte, en 1969 fue descubierta la denominada «Balsa de oro de El Dorado>> en una cueva de un antiguo poblado muisca. Es una barca de oro de 18 cm de largo con figuras que representan la ceremonia del lago Guatavita descrita por los indios muisca. Por otra parte, los científicos de la Universidad de Pensilvania examinaron el suelo de la selva a orillas del Río Negro y encontraron líneas y dibujos que cubren un vasto territorio y miles de promontorios aislados y ocultos por la vegetación. Un estudio más detallado de las pequeñas lomas reveló que, al parecer existía un sistema de canalizaciones que permitía transportar agua a los campos. También fueron hallados restos de cerámica y otros vestigios que demuestran la presencia humana en esa región.

    A decir verdad, la expedición no fue capaz de hallar El Dorado, pero sus integrantes repararon en la terra preta, la tierra oscura que tapiza varios millares de hectáreas de la región. Su análisis reveló que no se trata de tierra vegetal convencional sino de una mezcla de terreno arenoso, cal de conchas y carbón vegetal, inusual combinación que impedía que el agua arrastrara consigo los nutrientes de la tierra. Esa tierra oscura es muchísimo más fértil que cualquier abono conocido. Los científicos creen que ése es el auténtico tesoro de El Dorado y que el oro de los indios muisca no provenía de minas de oro locales, sino que era producto del comercio con otros pueblos indígenas.

    Lo que se desconoce es el motivo de la desaparición de esta cultura en el transcurso de los 100 años posteriores a la expedición de Orellana. Es posible que los conquistadores blancos llevaran consigo una epidemia que hiciera estragos entre los indígenas. Sin embargo, las pruebas que corroboran esa teoría son tan escasas como las de la veracidad de las leyendas que rodean el lago dorado de Guatavita.